Os inibidores químicos da ZFP68 podem exercer os seus efeitos inibitórios através de vários mecanismos bioquímicos que envolvem a modulação de vias de sinalização e processos celulares que, em última análise, resultam na diminuição da atividade da proteína. A forskolina, por exemplo, embora conhecida pelo seu papel na ativação da adenilil ciclase, pode levar à ativação da proteína quinase A (PKA) através do aumento dos níveis de cAMP. No entanto, a ativação excessiva da PKA pode resultar em ciclos de feedback negativo que acabam por inibir a atividade de proteínas a jusante, como a ZFP68, promovendo a fosforilação de proteínas reguladoras que impedem a ZFP68 de se ligar ao ADN ou alterando o ambiente celular de uma forma desfavorável à atividade da ZFP68. Do mesmo modo, o 12-miristato 13-acetato de forbol (PMA) ativa a proteína quinase C (PKC), que pode fosforilar o ZFP68 ou os seus cofactores, conduzindo potencialmente a um efeito inibidor da atividade transcricional do ZFP68 devido a alterações na sua conformação ou interacções com outras proteínas.
Compostos como a ionomicina e a tapsigargina aumentam os níveis de cálcio intracelular, o que pode ativar as proteínas quinases dependentes de cálcio/calmodulina (CaMK). Por sua vez, a ativação da CaMK pode levar à fosforilação do ZFP68 em locais que inibem a sua ligação ao ADN ou a sua interação com outras máquinas de transcrição. O ionóforo de cálcio A23187 também aumenta os níveis de cálcio intracelular, potencialmente activando a CaMK e conduzindo a fosforilações inibitórias semelhantes no ZFP68. Inibidores como o ácido okadaico inibem as proteínas fosfatases PP1 e PP2A, o que pode levar à hiperfosforilação do ZFP68, um estado que está frequentemente associado à redução da atividade dos factores de transcrição. A anisomicina ativa as proteínas cinases activadas pelo stress, que podem fosforilar e potencialmente inibir o ZFP68, enquanto a calicilina A, que inibe de forma semelhante as fosfatases, poderia também contribuir para o estado hiperfosforilado e, por conseguinte, inibido, do ZFP68. O zaprinast e o IBMX, ao inibirem as fosfodiesterases e ao aumentarem os níveis de GMPc e AMPc, respetivamente, podem levar à ativação da PKG ou da PKA, que podem fosforilar o ZFP68 e inibir a sua função. O dibutiril-cAMP ativa diretamente a PKA e pode levar à fosforilação do ZFP68, provocando a sua inibição. Por último, a hiperforina ativa os canais TRPC6, provocando possivelmente um influxo de iões de cálcio, que pode ativar a CaMK e levar à fosforilação inibitória do ZFP68.
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