A ativação da WDR31 está intrinsecamente ligada à modulação das vias de sinalização intracelular. Certos compostos de pequenas moléculas podem reforçar a atividade da WDR31 aumentando os segundos mensageiros intracelulares, como o AMPc. Esta elevação do AMPc é conseguida através da estimulação direta da adenilil ciclase ou através da inibição das fosfodiesterases, enzimas que degradam o AMPc. O aumento resultante dos níveis de AMPc pode ativar a proteína quinase A (PKA), que depois fosforila substratos específicos, incluindo o WDR31. Esta fosforilação promove a ativação funcional do WDR31, permitindo-lhe participar mais eficazmente nos seus papéis celulares. Além disso, os análogos do AMPc que são capazes de permear as membranas celulares também servem para ativar a PKA, criando um estado de ativação sustentado que apoia ainda mais a função do WDR31.
Para além do eixo AMPc-PKA, a atividade do WDR31 é também modulada por vias de sinalização dependentes do cálcio. Os compostos que actuam como ionóforos ou activadores dos canais de cálcio aumentam a concentração intracelular de cálcio, que, por sua vez, pode ativar um espetro de proteínas quinases dependentes do cálcio. Estas cinases são capazes de fosforilar o WDR31, aumentando assim a sua atividade. Simultaneamente, a inibição das proteínas fosfatases, que normalmente contrariam a atividade das cinases através da desfosforilação dos substratos, conduz a um aumento líquido da forma fosforilada e ativa do WDR31. Estes inibidores da fosfatase asseguram que a WDR31 permanece num estado ativado, impedindo a remoção dos grupos fosfato, mantendo assim a atividade da proteína e promovendo o seu papel na célula.
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