A classe química dos inibidores da TMEM16J engloba uma série de compostos com estruturas e propriedades químicas diversas, capazes de modular indiretamente a atividade da proteína TMEM16J. Estes compostos interagem com vários mecanismos celulares e podem influenciar a função da TMEM16J através de alterações no transporte de iões, no potencial de membrana e na mistura de fosfolípidos. A ação destes compostos radica na sua capacidade de modificar as propriedades biofísicas da membrana celular ou de influenciar os gradientes iónicos e as vias de sinalização a que a TMEM16J está associada. O ácido tânico, a progesterona e o ibuprofeno têm a capacidade de alterar o carácter da bicamada lipídica, o que pode afetar a integração da membrana do TMEM16J ou a sua conformação estrutural. Esta alteração pode levar à modificação da função da proteína, afectando a acessibilidade da proteína aos seus substratos ou a sua interação com outros componentes celulares.
Outros compostos, como o ácido niflúmico, o ácido flufenâmico e a bumetanida, visam os mecanismos de transporte de iões. Ao inibir canais ou transportadores de iões específicos, estes compostos podem perturbar os equilíbrios iónicos através da membrana celular, influenciando assim a atividade do TMEM16J se esta estiver associada aos fluxos de iões que estas moléculas regulam. A isonomicina e o verapamil, que modulam os níveis de cálcio intracelular, também podem afetar a atividade do TMEM16J, dada a sua potencial regulação pelo cálcio. O DIDS e o ácido etacrínico, ao alterarem os fluxos aniónicos e os estados redox celulares, respetivamente, apresentam outra camada de modulação indireta da função do TMEM16J, podendo afetar a capacidade da proteína para mediar a codificação de fosfolípidos ou o transporte de iões. A monensina, ao alterar o pH intracelular e os níveis de sódio, e a genisteína, ao ter como alvo as vias de sinalização da tirosina quinase, podem conduzir a efeitos a jusante que modulam o contexto celular em que o TMEM16J funciona. Estes efeitos podem resultar em alterações da atividade do TMEM16J, alterando o ambiente regulador ou as modificações pós-traducionais da proteína.
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