Os inibidores químicos da SMG9 podem influenciar a função da proteína através de várias vias bioquímicas. O PF-8380, por exemplo, tem como alvo a autotaxina, interrompendo a via de sinalização do ácido lisofosfatídico (LPA). Como a sinalização LPA pode modular o decaimento de mRNA mediado por nonsense (NMD), onde SMG9 opera, o PF-8380 afeta indiretamente a atividade de SMG9. O LY294002, um inibidor da PI3K, tem impacto em múltiplos processos celulares, incluindo potencialmente os regulados pelo SMG9. Ao atenuar a sinalização PI3K, o LY294002 pode levar a uma redução do envolvimento funcional do SMG9. A rapamicina, um inibidor da mTOR, pode diminuir os processos de tradução do ARNm, afectando assim o papel funcional da SMG9 na vigilância do ARNm. Do mesmo modo, a Spautin-1 pode alterar os mecanismos de decaimento do ARNm regulados pelas respostas ao stress celular, incluindo a autofagia, influenciando assim a atividade da SMG9.
Continuando com o tema da perturbação dos processos celulares, a inibição da atividade da tirosina quinase pela Genisteína pode diminuir a função do SMG9, uma vez que pode regular as vias de sinalização em que o SMG9 está envolvido. O GW4869, que inibe a esfingomielinase neutra, pode alterar a sinalização celular e a dinâmica da membrana, afectando assim a via do SMG9. O U0126 e o SB203580, inibidores da MEK1/2 e da p38 MAPK, respetivamente, podem levar à diminuição das vias de sinalização correspondentes, que estão implicadas nos processos de estabilidade e decaimento do ARNm que envolvem a SMG9. A inibição da V-ATPase pela bafilomicina A1 perturba a acidificação endossomal-lisossomal, um processo vital para a função celular, que pode afetar a atividade da SMG9. A MG132 tem como alvo o sistema do proteassoma, afectando a renovação das proteínas ligadas ao decaimento do ARNm e afectando indiretamente o papel da SMG9 na vigilância do ARNm. Por último, a ciclo-heximida e a actinomicina D, ao inibirem a biossíntese de proteínas eucarióticas e a síntese de ARN dependente do ADN, respetivamente, podem alterar o panorama das proteínas e do ARNm, afectando assim o contexto funcional em que a SMG9 opera.
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