Os inibidores químicos da SMAP1 podem impedir a sua função através de vários mecanismos, principalmente através da perturbação das vias celulares em que está envolvida. Por exemplo, a Wortmannin exerce o seu efeito inibitório sobre a SMAP1 ao ter como alvo as fosfoinositídeo 3-quinases (PI3K), que desempenham um papel crucial no tráfico de membranas, um processo integral para a função da SMAP1 na reciclagem endocítica. Do mesmo modo, o Dynasore afecta os processos endocíticos relacionados com a SMAP1 ao interferir com a dinamina, uma GTPase essencial para a endocitose mediada pela clatrina. A citocalasina D perturba a polimerização da actina, o que é significativo porque a SMAP1 está envolvida nos rearranjos do citoesqueleto da actina; por conseguinte, a sua perturbação pode prejudicar as funções associadas da SMAP1.
Além disso, inibidores específicos como o ML141 podem diminuir a atividade da SMAP1 através da inibição da Cdc42, uma molécula com a qual a SMAP1 interage nas vias de sinalização. A influência da Latrunculina B na SMAP1 é atribuída à sua desestabilização dos filamentos de actina, que são fundamentais para o papel da SMAP1 nos processos baseados na actina. O paclitaxel e o nocodazol, pelo contrário, exercem os seus efeitos alterando a dinâmica dos microtúbulos; o paclitaxel estabiliza e o nocodazol despolimeriza os microtúbulos, o que, por sua vez, pode reduzir a função da SMAP1, uma vez que está associada à dinâmica dos microtúbulos. A CK-666 inibe o complexo Arp2/3, inibindo consequentemente a função da SMAP1 devido ao seu envolvimento na montagem da actina mediada por Arp2/3. No contexto das proteínas motoras celulares, a inibição da miosina II pela blebbistatina pode inibir a função da SMAP1 no tráfico intracelular. YM201636, ao inibir a quinase PIKfyve, pode impedir o papel de SMAP1 no tráfico endossómico dependente de PI3P, e SecinH3 tem como alvo as citoesinas para inibir a ativação de Arf6, uma via à qual SMAP1 está ligada. Por último, o Pitstop 2 bloqueia o processo de endocitose mediado pela clatrina, inibindo assim o papel regulador da SMAP1 na formação de vesículas revestidas de clatrina. Cada um destes produtos químicos tem como alvo um componente celular específico ou uma via que é necessária para a plena atividade funcional da SMAP1, levando à sua inibição.
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