Os inibidores químicos da RY1 podem impedir a sua função através de vários mecanismos relacionados com o papel da proteína no processamento do ARN. A alsterpaulona, ao inibir as cinases dependentes da ciclina (CDK), como a CDK1 e a CDK2, pode perturbar o ciclo celular, que está intimamente ligado aos eventos de processamento do ARN em que a RY1 está envolvida. A inibição de CDKs poderia levar a um ambiente desfavorável para a função correcta de RY1 no processamento de ARN mediado por spliceossomas. Da mesma forma, a roscovitina tem como alvo seletivo as CDKs, o que pode levar à redução da fosforilação de proteínas que são cruciais para o splicing do ARN, restringindo indiretamente a atividade de RY1. O flavopiridol, outro inibidor das CDK, pode interromper o alongamento da transcrição, alterando potencialmente o panorama do processamento do pré-mRNA, impedindo assim indiretamente o papel da RY1 nestas vias.
Uma inibição indireta adicional do RY1 é observada com a indirrubina-3'-monoxima, que inibe tanto as CDK como a GSK-3β, uma quinase implicada em numerosos processos celulares, incluindo o processamento do ARN. Esta inibição pode criar um ambiente celular menos propício ao funcionamento normal do RY1. O inibidor da adenosina quinase 5-Iodotubercidina aumenta os níveis intracelulares de adenosina, o que pode interferir com as hélices de ARN dependentes de ATP, afectando assim as actividades de metabolismo do ARN da RY1. A olomoucina, à semelhança dos outros inibidores das CDK mencionados, pode modificar o estado de fosforilação das proteínas envolvidas no splicing do ARNm, com potenciais repercussões indirectas na atividade do RY1. A DRB tem como alvo a RNA polimerase II, essencial para a síntese de mRNA, e a sua inibição poderia reduzir a disponibilidade de substrato para a função de RY1 no processamento de RNA. O inibidor da proteína quinase A, o dicloridrato de H-89, os inibidores da fosfoinositídeo 3-quinase, a wortmannina e o LY294002, e o inibidor da mTOR, a rapamicina, interrompem várias vias de sinalização que influenciam indiretamente as actividades de processamento do ARN da RY1. Por último, o U0126 impede a MEK1/2, afectando a via de sinalização MAPK, que tem funções reguladoras no processamento do ARN que são cruciais para a atividade da RY1. Cada uma destas substâncias químicas, através das suas acções distintas na sinalização celular e nas vias enzimáticas, pode criar condições desfavoráveis à função da RY1 no processamento do ARN, levando à sua inibição.
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