Os inibidores do RRP9 abrangem uma gama de compostos químicos que reduzem indiretamente a atividade funcional da proteína RRP9, principalmente ao afetar a biogénese do ribossoma e o processamento do ARNr. Estes inibidores actuam em várias fases da montagem do ribossoma e da síntese proteica geral, diminuindo assim a procura do papel da RRP9 na maturação do componente 18S do rRNA do ribossoma. Por exemplo, a cicloheximida e a homoharringtonina bloqueiam o alongamento e a iniciação da tradução, respetivamente, reduzindo a necessidade celular de novos ribossomas e, por extensão, a atividade de processamento do RRP9. A rapamicina, através da sua inibição da sinalização mTOR, regula negativamente a síntese de proteínas ribossómicas, o que, por sua vez, diminui a necessidade da função de montagem do RRP9. A actinomicina D e o BMH-21 inibem diretamente a transcrição do ARNr, o que diminui a disponibilidade de substrato para a RRP9, reduzindo assim indiretamente a sua atividade na maturação do ARNrOs inibidores da RRP9 consistem numa seleção de compostos químicos que, através de vários mecanismos, diminuem indiretamente a atividade da proteína RRP9, que é crucial para a maturação do ARNr 18S no processoma da subunidade pequena (SSU). A cicloheximida e a homoharringtonina visam a síntese proteica; ao inibirem o alongamento e a iniciação da tradução, reduzem a necessidade celular de produção de ribossomas, diminuindo assim a necessidade do papel da RRP9 no processamento do ARNr 18S.
Além disso, a actinomicina D, o BMH-21 e o CX-5461 inibem diretamente a transcrição do ARNr, o que leva a uma redução da função do RRP9 devido à menor disponibilidade de substratos. O ácido micofenólico e o fluorouracilo perturbam a síntese e o metabolismo dos nucleótidos, afectando a produção e o processamento do ARNr e, por conseguinte, diminuindo indiretamente o papel biológico do RRP9. A ação colectiva destes compostos resulta numa desregulação abrangente do envolvimento do RRP9 na montagem do ribossoma, visando as vias que regem a produção de ribossomas e a síntese de proteínas, conduzindo assim a uma inibição indireta da atividade do RRP9.
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