Os vários agentes químicos propostos como activadores indirectos do RFX6 permitem compreender a interconexão das vias e processos celulares. Tanto a Forskolin como o IBMX convergem para a manipulação da dinâmica do AMPc. A forskolina aumenta os níveis de AMPc, enquanto o IBMX bloqueia a sua degradação. Uma vez que o AMPc é um mensageiro secundário vital no interior das células, a modulação dos seus níveis pode influenciar numerosos processos a jusante, incluindo os que envolvem o RFX6. Os compostos centrados nas cinases, nomeadamente o PMA, a estauroesporina e o PD98059, sublinham o papel fundamental que as cinases desempenham na comunicação celular. O PMA é conhecido por ativar a PKC, enquanto a Staurosporina tem um âmbito mais alargado de inibição da quinase. Por outro lado, o PD98059 visa especificamente a via MAPK/ERK, que é central para uma variedade de respostas celulares.
A sinalização do cálcio, uma linguagem celular universal, é o alvo tanto da isonomicina como do A23187. Ao modularem as concentrações de cálcio intracelular, podem iniciar uma série de processos dependentes do cálcio que se podem cruzar com a função do RFX6. Simultaneamente, o MG-132, a tricostatina A e a rapamicina têm como alvo a manutenção celular e os mecanismos reguladores, em que o primeiro procura bloquear a degradação das proteínas, a tricostatina A modula a expressão dos genes e a rapamicina incide no crescimento celular e nos processos de autofagia.
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