Os inibidores do PRPSAP2 Metotrexato e ácido micofenólico têm como alvo as enzimas envolvidas na via do folato e na síntese de purinas, que são essenciais para a produção de nucleótidos. Ao inibir estas vias, estes compostos podem diminuir a procura das funções reguladoras do PRPSAP2. A 6-Mercaptopurina e a Azatioprina são incorporadas nos ácidos nucleicos, perturbando o seu metabolismo normal e influenciando indiretamente o ambiente celular em que o PRPSAP2 funciona.
A Hidroxiureia, a Clofarabina e a Fludarabina são inibidores da ribonucleótido redutase, uma enzima essencial para a síntese de desoxirribonucleótidos, afectando assim potencialmente a disponibilidade de substratos regulados pelo PRPSAP2. O 5-Fluorouracil perturba o metabolismo da pirimidina, que está intimamente ligado à via de síntese das purinas, na qual o PRPSAP2 está implicado. O alopurinol modifica o catabolismo da purina, o que pode levar a alterações nos níveis de nucleótidos de purina e influenciar indiretamente a PRPSAP2. A ribavirina, um agente antivírico de largo espetro, interfere com a síntese de nucleótidos de guanina, afectando o equilíbrio dos conjuntos de nucleótidos que o PRPSAP2 pode ajudar a regular. A cladribina e a didanosina são análogos que interferem com a síntese e a função dos nucleótidos, o que pode levar a uma menor necessidade do papel do PRPSAP2 na regulação da biossíntese dos nucleótidos.
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