Os inibidores indicados não são inibidores directos da PMPCB/MPPβ, mas influenciam a função mitocondrial, o que pode afetar indiretamente a atividade da subunidade beta da peptidase de processamento mitocondrial. A PMPCB/MPPβ é essencial para a maturação das proteínas mitocondriais e a sua função está intimamente ligada à saúde e atividade mitocondriais em geral. Por conseguinte, os compostos que perturbam ou modificam a função mitocondrial podem ter um impacto a jusante na MPPβ. Compostos como a Oligomicina A, a Antimicina A e a Rotenona visam componentes-chave da cadeia de transporte de electrões mitocondrial. Ao inibir a ATP sintase, o complexo I ou outros componentes da cadeia, estes compostos perturbam o funcionamento normal das mitocôndrias, o que pode afetar secundariamente o processamento das proteínas precursoras mitocondriais, uma função associada ao MPPβ. Tais perturbações podem potencialmente levar a uma diminuição da eficiência do processamento das proteínas mitocondriais.
Outros produtos químicos, como o CCCP e o resveratrol, afectam a dinâmica e a biogénese mitocondriais. O CCCP actua como um desacoplador da fosforilação oxidativa, perturbando o potencial da membrana mitocondrial, que é crucial para numerosos processos mitocondriais. Sabe-se que o resveratrol influencia a biogénese mitocondrial e tem sido estudado pelo seu papel na promoção da saúde mitocondrial, o que poderia ter um impacto indireto na função MPPβ. Além disso, compostos como a metformina e a rapamicina, que são conhecidos pelos seus efeitos nas vias metabólicas, também influenciam a função mitocondrial. A ação da metformina no complexo I mitocondrial pode afetar indiretamente o processamento das proteínas mitocondriais, enquanto a inibição da sinalização mTOR pela rapamicina pode ter impacto na biogénese e na saúde mitocondriais, influenciando potencialmente a atividade das MPPβ.
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