Os produtos químicos classificados como inibidores da PIG-S não são inibidores no sentido tradicional de se ligarem diretamente e inibirem a atividade enzimática da PIG-S. Em vez disso, estes compostos influenciam várias vias e processos celulares que estão a montante ou a jusante da ação enzimática real da PIG-S ou afectam o contexto celular em que a PIG-S funciona. A diversidade química dos inibidores da PIG-S é vasta, incluindo compostos que são utilizados principalmente como antibióticos, antiprotozoários e inibidores de enzimas específicas nas vias de biossíntese de lípidos e proteínas.
A inibição indireta da PIG-S através destes compostos envolve uma série de mecanismos. Alguns, como a Manumicina A e a Fumonisina B1, actuam perturbando a biossíntese ou o processamento de lípidos que são cruciais para a localização ou função adequadas da PIG-S na membrana celular. Outros, como a tunicamicina e a brefeldina A, inibem etapas fundamentais da glicosilação e do tráfico de proteínas, que são processos essenciais para a maturação de proteínas ancoradas em GPI, para as quais a PIG-S contribui. Compostos como a monensina e a suainsonina perturbam os gradientes de iões intracelulares e o processamento de glicanos, respetivamente, ambos importantes para o tráfego e a função adequados das proteínas ancoradas em GPI, afectando assim indiretamente a atividade da PIG-S. Além disso, a ação destes compostos pode levar a alterações no ambiente celular que afectam a estabilidade, a localização ou a renovação das proteínas ancoradas em GPI, que são os produtos finais da via biossintética que envolve a PIG-S.
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