Os inibidores químicos da PHF3 incluem um conjunto diversificado de compostos que têm como alvo várias vias e processos biológicos para conseguir a inibição funcional da proteína. O ácido ocadaico, por exemplo, mantém a PHF3 num estado hiperfosforilado através da inibição das proteínas fosfatases PP1 e PP2A, que normalmente desfosforilam a PHF3. Esta hiperfosforilação pode impedir o papel funcional do PHF3. Do mesmo modo, o MG-132 actua inibindo a via do proteassoma, impedindo a degradação das proteínas ubiquitinadas, o que pode conduzir a uma acumulação de proteínas mal dobradas que sequestram o PHF3 em complexos não funcionais. A tricostatina A e o SAHA (Vorinostat), ambos inibidores da HDAC, aumentam a acetilação das histonas, o que pode perturbar a interação do PHF3 com a cromatina, uma vez que essas interacções dependem frequentemente do estado de acetilação das histonas.
Além disso, a 5-Azacitidina e a Mitramicina A podem interferir com as funções do PHF3 associadas à cromatina, alterando os padrões de metilação do ADN e a ligação ao ADN, respetivamente, impondo assim restrições estéricas ou alostéricas à capacidade do PHF3 de modular a expressão genética. A alfa-manitina inibe diretamente a RNA polimerase II, afectando a paisagem transcricional em que o PHF3 opera. Compostos como o I-CBP112 e o JQ1, que têm como alvo as proteínas BET bromodomínio, podem influenciar indiretamente as redes transcricionais que envolvem o PHF3, levando a uma redução das funções reguladoras do PHF3. A pladienolida B, ao inibir o spliceossoma, interrompe os processos de splicing do RNA em que o PHF3 está implicado, enquanto a inibição da Chk1 pelo PF-477736 pode afetar amplamente os processos regulados pelo ciclo celular que envolvem o PHF3. Por último, o UNC0638 tem como alvo as histonas metiltransferases G9a e GLP, alterando a metilação das histonas e potencialmente perturbando as interacções do PHF3 com estes marcadores epigenéticos, o que pode inibir as actividades do PHF3 relacionadas com a cromatina.
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