Os compostos que influenciam os níveis celulares de AMPc são fundamentais para a regulação da atividade da PHF16. A ativação da adenilil ciclase, que conduz a um aumento do AMPc, ativa a PKA, que pode fosforilar vários substratos, incluindo proteínas como a PHF16, melhorando a sua função. A inibição das fosfodiesterases também aumenta os níveis de AMPc intracelular, promovendo ainda mais a sinalização da PKA e potencialmente aumentando a atividade da PHF16. O equilíbrio da acetilação das histonas é outro regulador importante do PHF16. Os inibidores das histonas desacetilases resultam numa acumulação de histonas acetiladas, o que pode melhorar a capacidade do PHF16 para interpretar o código epigenético e ligar-se a estas histonas modificadas. Esta remodelação da cromatina poderia facilitar o papel do PHF16 na regulação da transcrição, uma vez que interage com componentes da maquinaria de transcrição.
PHF16 também depende da configuração estrutural do seu dedo PHD, que requer a presença de iões de zinco para estabilização. Esta necessidade estrutural sublinha a importância dos iões metálicos na modulação da atividade de leitores epigenéticos como o PHF16. A disponibilidade de grupos metilo de dadores como a S-adenosilmetionina é vital para a metilação das histonas, que por sua vez é reconhecida pela PHF16, sugerindo que a modulação dos estados de metilação das histonas poderia influenciar indiretamente a atividade da PHF16. Além disso, a inibição selectiva de várias enzimas modificadoras de histonas poderá conduzir a uma paisagem cromatínica propícia a uma maior atividade do PHF16, uma vez que poderá permitir que este exerça os seus efeitos de forma mais eficiente no contexto da regulação da expressão genética.
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