A ativação da PCYOX1L envolve uma cascata de eventos intracelulares normalmente iniciados por moléculas sinalizadoras que influenciam os níveis de mensageiros secundários e a atividade das proteínas cinases. A elevação do AMPc intracelular por compostos específicos pode levar à ativação da proteína quinase A (PKA), que é conhecida por fosforilar uma variedade de substratos, incluindo enzimas semelhantes à PCYOX1L. Esta fosforilação pode modificar a eficiência catalítica ou a afinidade do substrato da enzima, melhorando assim a sua função. Para além do AMPc, a concentração intracelular de GMPc também pode ser modulada por compostos através da ativação da guanilil ciclase solúvel ou da inibição de fosfodiesterases específicas do GMPc. A ativação resultante da proteína quinase G (PKG) pode, de forma semelhante, levar a eventos de fosforilação que aumentam a atividade da PCYOX1L. A disponibilidade de substratos para a óxido nítrico sintase pode potenciar ainda mais esta via, aumentando a produção de óxido nítrico, que actua como uma molécula de sinalização para elevar os níveis de GMPc.
Outras moléculas exercem os seus efeitos através da interação com os sensores de energia celular ou os receptores de adenosina, alterando consequentemente o equilíbrio das proteínas cinases no interior da célula. Os activadores da proteína quinase activada por AMP (AMPK) podem induzir uma cascata de fosforilação que potencialmente inclui a PCYOX1L, promovendo assim a sua atividade. A interferência com os receptores A2A da adenosina altera a sinalização intracelular modificando os níveis de AMPc, levando indiretamente à ativação de cinases que poderiam fosforilar e assim ativar a PCYOX1L. Os inibidores da fosfodiesterase, que impedem a degradação do AMPc e do GMPc, contribuem ainda mais para o potencial de fosforilação da PCYOX1L, mantendo níveis elevados destes nucleótidos cíclicos, o que favorece um ambiente propício à ativação da PKA e da PKG.
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