Os inibidores da PCDHB6 funcionam através da intervenção em vias de sinalização críticas e processos celulares que regulam a adesão e a comunicação celular. Por exemplo, alguns inibidores têm como alvo a proteína quinase C (PKC), que fosforila substratos, incluindo moléculas de adesão celular, modificando assim a sua função e conduzindo potencialmente a uma redução das capacidades adesivas da PCDHB6. Outros inibidores actuam interferindo com a sinalização do cálcio, que é fundamental para a regulação da adesão celular, quer através da quelação do cálcio intracelular, quer através do bloqueio dos canais e receptores de cálcio. Estas acções perturbam os processos dependentes do cálcio de que a PCDHB6 pode depender para funcionar corretamente, diminuindo assim o seu papel na adesão célula-célula. Alguns compostos exercem os seus efeitos inibidores através da estabilização do citoesqueleto de actina, afectando assim a estrutura organizacional de que a PCDHB6 depende para mediar a adesão e a comunicação celular.
Além disso, existem inibidores que modulam a expressão genética alterando a estrutura da cromatina que envolve o gene da PCDHB6, o que pode resultar numa diminuição da expressão desta proteína. A inibição de cinases específicas envolvidas nas vias ERK/MAPK e PI3K/Akt também pode levar a alterações na expressão ou na atividade das moléculas de adesão celular, incluindo a PCDHB6. Ao impedir os processos que regem a organização do citoesqueleto, a formação de lamelas e a migração celular, estes inibidores afectam direta ou indiretamente a atividade funcional da PCDHB6. Além disso, a inibição de proteases e fosfatases que desempenham um papel nas modificações pós-traducionais das proteínas de adesão celular também pode contribuir para a diminuição da atividade funcional da PCDHB6.
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