Os inibidores da PCDHB16 funcionam interferindo com uma variedade de vias de sinalização e processos celulares que são cruciais para o papel da proteína nas interacções célula-célula e na adesão. Por exemplo, certos inibidores da tirosina quinase podem perturbar a sinalização celular que se cruza com a adesão mediada pela PCDHB16, resultando numa redução da proliferação celular, que está intimamente ligada à função da proteína. Estes inibidores têm como alvo vias como a EGFR e a Src/Abl, que estão envolvidas na regulação da forma, motilidade e dinâmica do citoesqueleto celular, todas elas importantes para o bom funcionamento da PCDHB16 na manutenção da arquitetura e comunicação celular. Ao alterar estas vias, os inibidores podem diminuir a influência da PCDHB16 na complexa rede de interacções celulares.
Outros inibidores actuam nas vias PI3K/AKT e MAPK/ERK, que estão implicadas nos processos de sobrevivência, crescimento e diferenciação celular em que a PCDHB16 pode estar envolvida. Os compostos como os inibidores da PI3K e os inibidores da MEK conduzem a uma supressão destas vias, atenuando potencialmente a função da PCDHB16 nestes mecanismos celulares. Além disso, os inibidores da gama-secretase impedem a clivagem proteolítica das proteínas da membrana, o que poderia afetar o papel da PCDHB16 na sinalização e adesão celular. Do mesmo modo, os inibidores da CDK4/6 interrompem a progressão do ciclo celular, afectando indiretamente as vias de sinalização associadas à PCDHB16 e o seu papel nos processos celulares.
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