Os inibidores da OTP operam através de várias vias moleculares para conseguir uma diminuição funcional deste fator de transcrição crítico para o neurodesenvolvimento. Certos inibidores têm como alvo a via de sinalização mTOR, levando a uma regulação negativa das actividades de transcrição que são essenciais para o funcionamento adequado da OTP. Ao inibir os efeitos a jusante desta via, estes compostos podem diminuir a atividade da OTP, que é fundamental para o desenvolvimento de certas populações neuronais. Da mesma forma, a alteração da via de sinalização Hedgehog, que desempenha um papel crucial na modelação e crescimento do sistema nervoso, pode ter impacto na regulação funcional da OTP. Isto é conseguido através da supressão da sinalização que está envolvida nos processos de desenvolvimento em que a OTP está implicada. Esta abordagem pode resultar na inibição indireta da OTP, relacionando a ação do composto com as funções de desenvolvimento da proteína.
Para além das vias supramencionadas, outros compostos exercem os seus efeitos inibitórios através do envolvimento com as vias MAPK/ERK e PI3K/AKT, ambas parte integrante dos processos celulares, incluindo o crescimento, a proliferação e a diferenciação. Este método indireto de inibição pode resultar numa redução da atividade da OTP, impedindo as vias que contribuem para a sua expressão funcional. Existem também inibidores que interferem com as vias de sinalização Notch e Wnt, levando a alterações na neurogénese e diferenciação neuronal que podem diminuir a atividade da OTP. O envolvimento deste fator de transcrição no neurodesenvolvimento significa que a perturbação destas vias pode diminuir indiretamente a sua atividade. Da mesma forma, compostos que inibem vias como as mediadas por FGFR, receptores mineralocorticóides, CDKs, GSK-3 e HIF também podem levar à modulação da atividade da OTP, influenciando vários aspectos do neurodesenvolvimento e da neuroprotecção, completando o espetro de mecanismos através dos quais estes compostos inibidores funcionam.
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