A forskolina, um diterpeno, exerce os seus efeitos estimulando diretamente a adenilil ciclase, que catalisa a conversão de ATP em AMPc, um mensageiro secundário que ativa a proteína quinase A (PKA). A atividade elevada da PKA leva a uma maior fosforilação das proteínas alvo, alterando efetivamente a sua função. Da mesma forma, o IBMX, um derivado da metilxantina, impede a degradação do AMPc inibindo as fosfodiesterases, mantendo um ambiente propício à fosforilação mediada pela PKA. O composto polifenólico epigalocatequina galato e o estilbenoide resveratrol são capazes de modular numerosas vias de sinalização e de afetar a atividade e o estado de ativação de várias proteínas.
A ionomicina, um ionóforo de cálcio, e o A23187, um ácido carboxílico, servem ambos para aumentar os níveis intracelulares de cálcio, um segundo mensageiro crítico que ativa um conjunto de cinases dependentes do cálcio, que podem depois fosforilar proteínas. O forbol 12-miristato 13-acetato, um potente ativador da proteína quinase C (PKC), estimula diretamente a PKC, que está envolvida numa vasta gama de funções celulares, incluindo a regulação das actividades proteicas através da fosforilação. Os inibidores da fosfodiesterase, como o sildenafil, mantêm níveis elevados de AMPc e GMPc, facilitando assim a ativação da PKA ou da PKG, cinases que catalisam a transferência de grupos fosfato para as proteínas. O LY294002, um derivado de flavonoide, actua inibindo as fosfoinositídeo 3-quinases (PI3K), afectando assim as cascatas de sinalização a jusante, o que pode levar a modificações na atividade das proteínas. A pequena molécula U0126, conhecida pelo seu efeito inibidor da proteína quinase activada por mitogénio (MEK), tem a capacidade de alterar os padrões de fosforilação nas células, afectando a função das proteínas. O Dibutiril AMPc, um análogo sintético do AMPc, e a estauroporina, um alcaloide que inibe um amplo espetro de cinases, resultam ambos em alterações de fosforilação que podem ativar proteínas.
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