Os inibidores da NUDT12 funcionam afectando a disponibilidade celular dos seus substratos e intermediários envolvidos no metabolismo dos nucleótidos. Por exemplo, certos compostos que inibem a atividade da xantina oxidase ou da diidrofolato redutase reduzem significativamente a concentração celular de nucleótidos de purina. Uma vez que o NUDT12 necessita destes nucleótidos de purina como substratos para funcionar, a sua atividade é indiretamente diminuída. Do mesmo modo, os análogos e antagonistas de nucleótidos que impedem a síntese ou a reparação de ácidos nucleicos diminuem o conjunto de nucleótidos necessários para a atividade da NUDT12, conduzindo a uma inibição funcional. Os agentes que visam especificamente enzimas como a inosina monofosfato desidrogenase ou a ribonucleótido redutase também levam a uma depleção de guanina e trifosfatos de desoxirribonucleótidos, respetivamente, que são cruciais para a ação catalítica da NUDT12.
Outros efeitos inibitórios sobre a NUDT12 são observados quando os compostos interferem com a síntese de novo de nucleótidos de purina e pirimidina. Ao imitarem os substratos naturais da NUDT12, certos inibidores podem ser incorporados nas cadeias de ADN, o que resulta numa redução dos substratos disponíveis para a NUDT12, prejudicando assim indiretamente a sua função. Além disso, os inibidores que actuam sobre a adenosina desaminase levam a uma acumulação de nucleótidos específicos que não só são tóxicos para as células, como também podem afetar a eficiência catalítica da NUDT12.
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