As substâncias químicas que actuam como activadores indirectos da NSUN3 estão envolvidas numa série de funções celulares, afectando principalmente a atividade mitocondrial e os processos de metilação. Dado o papel da NSUN3 na metilação do ARNt mitocondrial, os compostos que melhoram a biogénese, a função ou o metabolismo energético das mitocôndrias podem necessitar indiretamente de uma maior atividade das enzimas de modificação do ARNt, incluindo a NSUN3, para manter a eficiência da tradução mitocondrial.
Por exemplo, sabe-se que o ribosídeo de nicotinamida, como precursor do NAD+, e o resveratrol, através da ativação da SIRT1, aumentam a biogénese e a função mitocondriais. Esta maior atividade mitocondrial poderia levar a uma regulação positiva de enzimas como a NSUN3 para suportar o aumento da procura de tradução mitocondrial. Do mesmo modo, compostos como a S-adenosilmetionina fornecem os grupos metilo necessários para as reacções de metilação. Com um aumento dos dadores de metilo disponíveis, a atividade das metiltransferases, incluindo a NSUN3, poderia ser reforçada para facilitar a metilação adequada dos ARNt. O azul de metileno e a coenzima Q10 estão envolvidos na melhoria da respiração mitocondrial, o que também pode aumentar a necessidade de ARNt funcional, aumentando indiretamente a necessidade da atividade enzimática da NSUN3. Na frente metabólica, o beta-hidroxibutirato, como fonte de energia alternativa durante o jejum ou estados cetogénicos, pode influenciar o metabolismo energético e a função mitocondrial, o que pode ter um impacto indireto na atividade da NSUN3. Os aminoácidos como a leucina estimulam a sinalização mTOR, que é essencial para a síntese proteica, o que pode implicar uma regulação positiva da NSUN3 para manter uma função eficiente do ARNt na tradução das proteínas.
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