Os inibidores químicos da NDST4 funcionam através de vários mecanismos para impedir a sua atividade de sulfotransferase. A suramina funciona através da obstrução dos receptores de factores de crescimento e das actividades enzimáticas que são cruciais para os processos de sulfatação que a NDST4 catalisa. Quando os receptores de factores de crescimento são inibidos, a atividade de sulfotransferase da NDST4 fica comprometida, levando a uma diminuição do seu rendimento funcional. O clorato actua como concorrente na captação de sulfato, restringindo assim a disponibilidade do dador de sulfato PAPS, essencial para a atividade da NDST4; esta inibição competitiva leva a uma redução da capacidade de sulfatação da enzima. O metiltiouracil, através da sua ação sobre a síntese das hormonas da tiroide, pode levar a uma diminuição da capacidade de sulfatação sistémica, o que, por sua vez, pode limitar a disponibilidade de reservatórios de sulfato para a atividade da NDST4. O bisfenol A pode perturbar a atividade da sulfotransferase, ligando-se diretamente ao local ativo das enzimas sulfotransferase, o que pode levar a uma interferência direta no processo catalítico da NDST4.
Para além destes inibidores, compostos como a quercetina e o triclosan exibem os seus efeitos inibitórios competindo com a PAPS ou alterando a estrutura da enzima, respetivamente, impedindo assim a função enzimática da NDST4. Sabe-se também que o ácido elágico e o pentaclorofenol se ligam ao local ativo ou a regiões críticas da enzima, levando a uma diminuição da atividade da sulfotransferase da NDST4. Do mesmo modo, a Clorpromazina e a Desipramina podem inibir a NDST4 alterando a conformação da enzima ou interagindo com o seu sítio ativo. O miconazol, embora seja conhecido principalmente como um inibidor das enzimas do citocromo P450, demonstrou inibir as enzimas sulfotransferase, incluindo a NDST4, ao interagir com o local ativo da enzima. Por último, o cetoconazol, através da sua inibição das enzimas do citocromo P450, pode influenciar indiretamente os processos de sulfatação, afectando assim a atividade da NDST4. A ação colectiva destes inibidores leva a uma redução substancial da capacidade da NDST4 de transferir grupos sulfato para os seus substratos.