Os inibidores químicos da Mucina 11/12 podem exercer os seus efeitos inibitórios através de vários mecanismos que perturbam a maturação, secreção e expressão funcional da proteína. O fosforamidon tem como alvo as metaloproteases que são fundamentais para a libertação da Mucina 11/12, assegurando que a proteína permanece ligada à superfície celular e é inibida funcionalmente. O GW4869, ao inibir a esfingomielinase neutra, dificulta a formação de ceramida, uma molécula crítica para a secreção da Mucina 11/12 nos exossomas, impedindo assim a sua atividade funcional. A Brefeldina A e a Monensina perturbam o aparelho de Golgi, um local crítico para a glicosilação da Mucina 11/12. Ao fazê-lo, inibem o processamento e a maturação correctos da proteína, que são essenciais para a sua função. A Swainsonina e a Castanospermina visam especificamente o processo de glicosilação: A swainsonina inibe a alfa-manosidase II, conduzindo a uma subglicosilação da Mucina 11/12, e a castanospermina inibe a glucosidase, impedindo a dobragem e o tráfico correctos, resultando ambos na inibição da forma funcional da Mucina 11/12.
A tunicamicina contribui para a inibição da Mucina 11/12 ao bloquear a glicosilação ligada à N, essencial para a estabilidade e o dobramento da proteína, impedindo-a assim de atingir um estado funcional. O Bay 11-7082 inibe indiretamente a Mucina 11/12 ao inibir a ativação do NF-κB, um regulador-chave da expressão do gene da mucina, reduzindo assim a produção de Mucina 11/12 ao nível da transcrição. O PD98059 e o SB203580 têm como alvo as vias MAPK; o PD98059 inibe a MEK na via MAPK/ERK e o SB203580 inibe a p38 MAPK, ambas importantes para a regulação da síntese e secreção da Mucina 11/12. O LY294002 interrompe a PI3K, que é fundamental para a sinalização da síntese e secreção da Mucina 11/12, levando à inibição destes processos. Por último, a Genisteína inibe as tirosina quinases que fosforilam as proteínas das vias de sinalização responsáveis pela produção de mucina, incluindo a Mucina 11/12, inibindo assim a sua atividade funcional.
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