Os inibidores químicos da MSL3L2 oferecem uma gama de mecanismos através dos quais a atividade desta proteína é impedida, principalmente através da alteração das modificações das histonas com as quais a MSL3L2 interage ou modifica. A tricostatina A e o M344 são inibidores da histona desacetilase (HDAC) que aumentam os níveis de acetilação da histona. A acetilação elevada pode impedir o MSL3L2 de interagir eficazmente com a cromatina, uma vez que o MSL3L2 pode depender de um determinado padrão de acetilação para se ligar ou modificar as histonas. A sinefungina tem como alvo as metiltransferases dependentes de S-adenosilmetionina, que são importantes para a metilação das histonas, um processo em que o MSL3L2 está provavelmente envolvido. Ao inibir a metilação, a sinefungina interrompe as funções dependentes da metilação do MSL3L2. A chaetocina inibe especificamente a SUV39H1, uma histona metiltransferase, alterando assim potencialmente a paisagem de metilação crítica para a interação do MSL3L2 com a cromatina.
Outros inibidores, como o BIX-01294 e o A-366, visam seletivamente a histona metiltransferase G9a, sugerindo que a prevenção da metilação em locais específicos das histonas poderia impedir as actividades de remodelação da cromatina do MSL3L2. Da mesma forma, UNC1999, GSK343 e EPZ-6438 inibem EZH2, sendo que UNC1999 também tem como alvo EZH1, que são enzimas responsáveis pela metilação de locais de histonas com os quais MSL3L2 possivelmente interage. A inibição destas enzimas pode alterar o estado da cromatina e, consequentemente, a capacidade funcional do MSL3L2. O I-CBP112 e o JQ1 perturbam o reconhecimento de resíduos de lisina acetilados, inibindo os bromodomínios CREBBP/EP300 e os bromodomínios BET, respetivamente. Esta inibição pode impedir a capacidade do MSL3L2 de ler marcas de acetilação nas histonas, o que é crucial para o seu papel na remodelação da cromatina. Por fim, o CPI-455, como inibidor das desmetilases KDM5, mantém um estado hipermetilado nas histonas, o que pode interferir com as actividades de desmetilação que o MSL3L2 pode facilitar, prejudicando assim a sua função normal.
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