Os inibidores da MS4A3 abrangem uma gama de compostos químicos que influenciam vias de sinalização específicas ou processos biológicos em que a MS4A3 está diretamente envolvida. A Wortmannin e o LY294002 são inibidores potentes da via PI3K/AKT. Esta inibição pode resultar numa diminuição da fosforilação da AKT, reduzindo provavelmente a ativação de proteínas a jusante que são reguladas pela AKT, incluindo o MS4A3, se este fizer parte desta via. A rapamicina e o AZD8055 têm como alvo a via mTOR, que está a jusante da AKT. Ao perturbar os complexos mTORC1 e mTORC2, estes inibidores podem contribuir para a redução da atividade do MS4A3, se este for influenciado pela sinalização mTOR. O U0126 e o PD98059 têm como alvo a via MEK/ERK, o que pode levar a uma diminuição da atividade do MS4A3 se este for regulado por esta via.
Substâncias químicas como o SB203580 e o SP600125 actuam sobre as vias MAPK, com o SB203580 a inibir especificamente a p38 MAPK e o SP600125 a visar a JNK. Ao diminuir a atividade destas cinases, diminui-se também a sinalização que pode controlar a função do MS4A3. O Dasatinib e o PP2, como inibidores da quinase da família Src, têm o potencial de diminuir a atividade do MS4A3 através da inibição das vias de sinalização que são activadas pelas quinases Src, o que poderia afetar indiretamente o MS4A3. Entretanto, a inibição do NF-κB pelo BAY 11-7082 pode diminuir a atividade do MS4A3, impedindo o NF-κB de ativar genes que podem ser necessários para a função do MS4A3.
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