Sabe-se que a tetraciclina e o seu derivado, a doxiciclina, se ligam às subunidades ribossómicas, obstruindo a ligação do aminoacil-RNAt ao complexo ARNm-ribossoma, o que, por sua vez, dificultaria a função do MRP-L35 como parte deste complexo. O cloranfenicol exerce os seus efeitos ligando-se ao centro da peptidil transferase do ribossoma mitocondrial, inibindo a atividade enzimática essencial para o alongamento da cadeia proteica, afectando assim o papel do MRP-L35 na síntese de péptidos. Do mesmo modo, a linezolida liga-se ao ARN ribossómico do ribossoma bacteriano, que é semelhante ao ribossoma mitocondrial devido a origens evolutivas partilhadas, inibindo assim o início da tradução. Esta ligação pode impedir o funcionamento correto do MRP-L35 ao perturbar a formação do complexo de iniciação. Os antibióticos macrólidos, como a eritromicina e a roxitromicina, ligam-se ao túnel de saída dos ribossomas, o que pode causar um bloqueio que impede o alongamento da cadeia proteica nascente, implicando um papel de inibição da MRP-L35 devido à sua proximidade do túnel.
Os antibióticos lincosamida, como a clindamicina, ligam-se à subunidade 50S do ribossoma, interferindo com a reação de transpeptidação, uma etapa necessária para o alongamento da proteína à qual a MRP-L35 está provavelmente associada. A rifampicina, embora tradicionalmente se destine à RNA polimerase bacteriana, pode influenciar a síntese de RNA mitocondrial devido a semelhanças estruturais, afectando assim o envolvimento da MRP-L35 na síntese de proteínas. A actinonina, um antibiótico peptídico, impede a peptidil deformilase, uma enzima envolvida na preparação de péptidos recém-sintetizados para as etapas subsequentes de tradução, o que seria fundamental para a participação funcional do MRP-L35 nestes processos. A puromicina provoca uma terminação prematura da cadeia ao mimetizar o aminoacil-RNAt, o que conduziria a proteínas incompletas e interromperia o papel normal da MRP-L35 na síntese proteica. Por último, a zidovudina, um análogo de nucleósido, é incorporada no ADN mitocondrial, podendo causar toxicidade e disfunção mitocondrial, o que pode ter efeitos a jusante na síntese proteica mitocondrial e, por conseguinte, na função do MRP-L35.
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