Os inibidores da Mot1 são substâncias químicas que afectam diretamente a atividade funcional da Mot1 ou influenciam os eventos de sinalização que conduzem à sua inibição. A Wortmannin e o LY294002 são inibidores da PI3K que podem afetar indiretamente a atividade ATPase do Mot1, diminuindo a produção de ATP na célula. Isto deve-se ao papel da PI3K na via de sinalização que promove a produção de ATP celular. A trifluoperazina e o verapamil, por outro lado, afectam a sinalização do cálcio na célula. A trifluoperazina fá-lo através da inibição da calmodulina, enquanto o verapamil o faz através do bloqueio dos canais de cálcio. Estas alterações na sinalização do cálcio podem afetar indiretamente a atividade ATPase do Mot1, uma vez que se sabe que os iões de cálcio influenciam esta atividade.
A 2-desoxi-D-glicose, a tapsigargina, a nigericina, a oligomicina A, a monensina, a valinomicina, a azida e o FCCP são outros inibidores que podem afetar a atividade ATPase da Mot1, influenciando a produção de ATP na célula. A 2-desoxi-D-glicose inibe a glicólise, a tapsigargina inibe a bomba SERCA, a nigericina e a valinomicina são ionóforos que perturbam os gradientes de iões através da membrana mitocondrial, a oligomicina A inibe a ATP sintase, a azida inibe a citocromo C oxidase e o FCCP desacopla a fosforilação oxidativa.
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