Os inibidores químicos do MBOAT2 incluem o Orlistat, que é conhecido por ser um potente inibidor da lipase. Ao inibir as lipases, o Orlistat impede a transferência de grupos acilo gordos para os glicerolípidos, um processo fundamental que o MBOAT2 regula. Esta inibição reduz eficazmente a atividade funcional do MBOAT2, limitando a sua capacidade de participar no metabolismo dos lípidos. Do mesmo modo, a cerulenina e o C75 visam a via de síntese dos ácidos gordos. A cerulenina actua inibindo a sintase dos ácidos gordos, reduzindo assim os níveis de ácidos gordos que servem de substrato ao MBOAT2. A redução da disponibilidade de substratos diminui diretamente a ação enzimática do MBOAT2. O C75 funciona segundo o mesmo princípio, em que a inibição da ácido gordo sintase conduz a uma escassez de substrato para o MBOAT2, dificultando assim funcionalmente o seu funcionamento. O ácido betulínico introduz alterações na composição lipídica ao inibir a estearoil-CoA dessaturase. Estas alterações podem resultar numa reserva reduzida de substrato para o MBOAT2, e a consequente limitação da sua atividade sublinha a inibição funcional conferida pelo ácido betulínico.
Para além destes inibidores centrados no substrato, a triacsina C tem como alvo a acil-CoA sintetase, levando a uma diminuição da reserva de acil-CoA. Esta redução afecta diretamente a MBOAT2, uma vez que esta depende destas moléculas para a sua atividade enzimática. A inibição da glicosilação ligada à N pela tunicamicina, um processo essencial para a dobragem e a função das proteínas de membrana, pode prejudicar o funcionamento correto do MBOAT2. A suramina interrompe as interacções fator de crescimento-recetor, o que pode levar à diminuição da atividade do MBOAT2, alterando as vias de sinalização essenciais para a sua função. O PD 169316 inibe a p38 MAPK, reduzindo potencialmente a fosforilação e a atividade do MBOAT2, enquanto o LY294002 inibe a via PI3K/AKT, afectando o estado de fosforilação e a atividade de proteínas como o MBOAT2. O GW4869 perturba os níveis de ceramida e a estrutura das jangadas lipídicas, o que pode diminuir a atividade do MBOAT2 ao alterar o microambiente lipídico crucial para a sua função. Do mesmo modo, a Filipina III liga-se ao colesterol e altera as jangadas lipídicas, o que pode inibir a atividade da MBOAT2. Por último, a Brefeldina A perturba o aparelho de Golgi e o tráfico de proteínas, o que pode inibir a localização e a função adequadas do MBOAT2 na arquitetura da membrana celular.
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