Os inibidores químicos do LRP11 visam vários aspectos da função celular para impedir a atividade da proteína através de mecanismos distintos. O GW4869, como inibidor da esfingomielinase neutra (nSMase), pode levar à diminuição da produção de ceramida, um lípido que é crucial para o tráfico vesicular e a composição da membrana. Esta redução dos níveis de ceramida pode resultar na inibição funcional do LRP11, uma vez que este está envolvido nestes processos. Do mesmo modo, a bafilomicina A1 tem como alvo a bomba de protões H+-ATPase do tipo vacuolar (V-ATPase), essencial para a acidificação endossomal. A inibição pela bafilomicina A1 pode perturbar o tráfico e a função normais do LRP11, impedindo a acidificação necessária para estes processos. O U18666A, um inibidor do transporte de colesterol, pode levar à acumulação intracelular de colesterol, o que pode alterar a composição da membrana e perturbar a localização e a função correctas do LRP11, que está associado ao metabolismo e ao tráfico do colesterol.
Outros inibidores, como o PD 98059 e o LY294002, têm como alvo vias de cinase específicas. O PD 98059 inibe a MEK, que está a montante da ERK na via MAPK/ERK, uma cascata de sinalização com a qual o LRP11 interage. Ao impedir a ativação da ERK, o envolvimento do LRP11 na sinalização a jusante pode ser dificultado. O LY294002 inibe especificamente as fosfoinositídeos 3-quinases (PI3K), que fazem parte da via de sinalização PI3K/Akt. A inibição da PI3K pode reduzir a fosforilação e a atividade da Akt, perturbando potencialmente os processos regulados pelo LRP11 que dependem desta via. Além disso, compostos como a rapamicina inibem a mTOR, que faz parte da via de sinalização mTOR na qual o LRP11 está implicado. A inibição do mTOR pela rapamicina pode levar à inibição funcional do LRP11 devido à perturbação desta via de sinalização. Cada um destes produtos químicos, ao visar diferentes vias e processos moleculares, pode influenciar a função do LRP11 na célula.
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