O cloridrato de PD 0332991 e o U0126 são exemplos de compostos que podem interroper o ciclo celular ou bloquear as vias de sinalização proliferativa, respetivamente. A sua inibição das enzimas CDK4/6 e MEK pode alterar a progressão do ciclo celular e a diferenciação celular, influenciando potencialmente as proteínas envolvidas nestes processos. O LY294002 e o GSK2126458 representam inibidores da via PI3K/AKT/mTOR, que é um eixo de sinalização crucial para a sobrevivência, o crescimento e o metabolismo das células. A inibição desta via pode resultar em alterações significativas na função e expressão das proteínas, afectando potencialmente a função do LOC729729.
Compostos como o SP600125, o SB203580 e o PD98059 têm como alvo as proteínas quinases activadas pelo stress, como a JNK e a p38 MAPK, que estão envolvidas nas respostas celulares à inflamação e ao stress ambiental. A inibição destas cinases pode alterar a função de proteínas que fazem parte destas cascatas de sinalização. O dasatinib, um inibidor da tirosina quinase de largo espetro, pode inibir várias quinases, alterando assim potencialmente uma série de vias de sinalização e afectando as proteínas envolvidas nessas vias. O bortezomib e a rapamicina são exemplos de inibidores que visam a renovação e a síntese de proteínas, respetivamente. A inibição do proteassoma pelo bortezomib pode levar à acumulação e à degradação alterada das proteínas, enquanto a inibição do mTOR pela rapamicina pode afetar a síntese proteica e a autofagia, afectando potencialmente as proteínas reguladas por estes processos. Por último, o ABT-199 e a Nutlin-3 têm como alvo proteínas envolvidas na apoptose e na sobrevivência celular. A inibição do Bcl-2 pelo ABT-199 pode induzir vias apoptóticas, afectando potencialmente as proteínas que interagem com a família Bcl-2.
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