A forskolina estimula diretamente a adenilil ciclase, aumentando assim os níveis de AMP cíclico que activam a proteína quinase A, uma enzima essencial capaz de fosforilar numerosos substratos, induzindo assim uma cascata de activações proteicas. Os ésteres de forbol, exemplificados pelo PMA, espelham o diacilglicerol ativador fisiológico da proteína quinase C, uma família de enzimas com uma multiplicidade de alvos celulares, influenciando várias proteínas através de uma miríade de vias. A ionomicina, através do seu papel como ionóforo de cálcio, eleva as concentrações de cálcio intracelular - um segundo mensageiro crítico que influencia uma série de proteínas dependentes do cálcio. O ortovanadato de sódio, ao inibir as proteínas tirosina fosfatases, mantém as proteínas num estado fosforilado, modulando assim as vias de sinalização dependentes da fosforilação da tirosina.
O agonista beta-adrenérgico isoproterenol exerce os seus efeitos ligando-se a receptores acoplados à proteína G e activando-os, o que leva a um aumento do AMPc intracelular e à subsequente ativação da PKA, afectando diversos alvos proteicos. O ácido retinóico, através da sua interação com os receptores nucleares, orquestra uma reprogramação dos padrões de expressão genética, que, por sua vez, pode ter um impacto significativo na atividade das proteínas e na função celular. Além disso, os análogos do AMPc, como o 8-Bromo AMPc e o Dibutiril AMPc, permeiam as membranas celulares e activam a PKA, influenciando assim várias proteínas celulares. A elevação do cálcio intracelular por ionóforos como o A23187 ativa um conjunto de proteínas dependentes do cálcio. Compostos como o galato de epigalocatequina, conhecido por interagir com múltiplas moléculas de sinalização, têm a capacidade de alterar a atividade proteica através de modificações nos estados de fosforilação, enquanto o LY294002 e o SB203580, embora tradicionalmente inibidores, podem indiretamente levar à ativação de vias ou proteínas alternativas através de mecanismos celulares compensatórios.
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