A Wortmannin e o LY294002 partilham um alvo comum na via PI3K, uma via de sinalização fundamental que governa o crescimento e a sobrevivência das células. Ao ligarem-se ao local catalítico da PI3K, estas moléculas impedem a ativação de proteínas subsequentes, incluindo a Akt, o que, por sua vez, pode suprimir a produção funcional de proteínas reguladas por este eixo. Do mesmo modo, o SB203580 e o PD98059, que são selectivos para a p38 MAP quinase e a MEK, respetivamente, interceptam a via MAPK/ERK, um mediador crítico dos sinais de proliferação e diferenciação celular. Esta interceção pode restringir a fosforilação e a subsequente ativação de proteínas que são efectores a jusante desta via de sinalização. O SP600125, como inibidor da JNK, pode diminuir as respostas mediadas pela JNK, como a apoptose e a inflamação, impedindo a fosforilação de proteínas que a JNK normalmente tem como alvo. A tricostatina A, com a sua atividade inibidora da histona desacetilase, pode levar a alterações nos padrões de expressão genética ao promover uma estrutura de cromatina mais aberta, que pode afetar a síntese de uma miríade de proteínas.
A rapamicina actua no complexo mTOR, um eixo central para a sinalização de nutrientes e factores de crescimento, ligando-se especificamente ao mTOR e, consequentemente, diminuindo a atividade de proteínas envolvidas no crescimento e metabolismo celulares. O bortezomib tem como alvo o proteasoma, um complexo proteico responsável pela degradação de proteínas desnecessárias ou danificadas. Ao inibir esta atividade proteolítica, o bortezomib pode causar uma acumulação de proteínas reguladoras, alterando vários processos celulares, incluindo o ciclo celular. O U0126, outro inibidor da MEK, funciona de forma semelhante ao PD98059, interrompendo a sinalização MAPK/ERK e afectando as proteínas que dependem desta via para a sua ativação ou repressão. O Z-VAD-FMK impede o início da apoptose ligando-se às caspases, que são responsáveis pela fase de execução da morte celular, influenciando assim a estabilidade e a sobrevivência de proteínas que, de outro modo, seriam degradadas durante a apoptose. A estaurosporina, com o seu amplo perfil de inibição das cinases, pode alterar uma vasta gama de funções proteicas dependentes da fosforilação, afectando numerosas vias de sinalização e processos celulares. Por último, a cicloheximida perturba a síntese proteica ao inibir a fase de alongamento da tradução nos ribossomas, conduzindo a uma redução do conjunto de proteínas celulares.
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