A Wortmannin e a Alsterpaullone, ao inibirem a PI3K e as cinases dependentes da ciclina, respetivamente, introduzem alterações nas cascatas de sinalização e na progressão do ciclo celular. O U0126 e o SP600125 oferecem um bloqueio direcionado da MEK e da JNK, modulando a via MAPK/ERK e as vias de resposta ao stress, com ramificações para as proteínas que fazem parte destas redes de sinalização.
As proteínas que interagem ou são reguladas pela proteína quinase C e pela Hsp90 podem ser influenciadas pelo Gö6976 e pela Geldanamicina, que desestabilizam as cascatas de sinalização e as vias de dobragem das proteínas. O PD173074 e o BML-275 oferecem uma abordagem mais específica, visando as vias FGFR e AMPK e, por extensão, afectando as proteínas que transmitem estes sinais de crescimento e metabólicos. O SB431542 e o Y-27632 têm papéis na modulação da atividade dos receptores TGF-β e na dinâmica do citoesqueleto dependente de ROCK, podendo afetar proteínas ligadas a estes processos. Por último, o MG-132 e a Rapamicina, ao inibirem a atividade do proteassoma e do mTOR, respetivamente, podem levar a uma acumulação de proteínas nas células e a uma redução da síntese proteica, afectando assim a estabilidade e a produção de um amplo espetro de proteínas, incluindo as indiretamente associadas ao LOC400553.
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