O AICAR serve de estímulo para a homeostase energética celular ao ativar a AMPK, uma enzima que pode sinalizar várias respostas relacionadas com a energia na célula, influenciando potencialmente as actividades das proteínas. Do mesmo modo, ao visar enzimas-chave na via MAPK/ERK, o U0126 e o PD98059 podem alterar o panorama da sinalização celular, conduzindo a modificações na função e expressão das proteínas. No domínio da sinalização da fosfoinositídeo 3-quinase (PI3K), a ação inibidora do LY294002 pode alterar as vias de sinalização AKT a jusante, que são cruciais para várias funções celulares, incluindo a modulação da atividade proteica. O SB203580 e o SP600125 exercem a sua influência afectando as vias de sinalização p38 MAPK e JNK, respetivamente. Estas vias são essenciais para a resposta da célula ao stress e à inflamação, o que pode ter implicações significativas na expressão das proteínas.
A rapamicina é outro exemplo, conhecida pela sua inibição específica da mTOR, uma proteína central na regulação da síntese proteica. Esta inibição pode ter um efeito em cascata, alterando a síntese e a atividade de numerosas proteínas. A tapsigargina, ao induzir o stress do retículo endoplasmático através da inibição das bombas SERCA, pode levar a um ambiente celular que afecta a dobragem e a função das proteínas. Além disso, compostos como Wnt Agonist 1, BML-275 e GSK-3 Inhibitor IX interagem com vias de sinalização especializadas, como Wnt, BMP e GSK-3. Estas vias desempenham um papel vital na regulação da expressão genética, da estabilidade das proteínas e de outros processos celulares que podem criar as condições necessárias para a ativação de proteínas, incluindo o LOC348751.
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