A forskolina, ao aumentar os níveis de AMPc, e a ionomicina, ao aumentar o cálcio intracelular, são exemplos de activadores que podem provocar alterações na atividade das proteínas através da alteração dos níveis de mensageiros secundários. Substâncias como o PMA activam a PKC, que fosforila uma vasta gama de proteínas alvo, regulando assim potencialmente a sua função. A inibição das proteínas tirosina fosfatases pelo ortovanadato de sódio pode aumentar a sinalização da fosforilação da tirosina, afectando as proteínas que são reguladas por esta modificação pós-traducional.
O LY294002 e a wortmannina, ambos inibidores da PI3K, juntamente com a rapamicina, um inibidor da mTOR, demonstram como a interrupção de uma via de sinalização pode afetar indiretamente a atividade das proteínas ao impedir eventos de sinalização a jusante. Do mesmo modo, o SB203580 e o U0126, bem como o PD98059, são inibidores dos componentes da via MAPK, o que pode levar a alterações da atividade das proteínas reguladas por esta via. A ativação da AMPK pelo AICAR realça o papel do estado metabólico na regulação das funções proteicas, indicando como o equilíbrio energético no interior da célula pode ser um fator significativo na modulação da atividade proteica. Os iões de zinco, como cofator, sublinham a importância dos iões metálicos na função das proteínas, uma vez que são essenciais para a atividade catalítica de muitas enzimas e podem influenciar a conformação e a atividade de várias proteínas.
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