A estaurosporina é um inibidor de quinase de largo espetro com a capacidade de suprimir a atividade de uma multiplicidade de quinases, o que, por sua vez, pode ter impacto em numerosas vias de sinalização, conduzindo potencialmente a alterações na atividade das proteínas. Do mesmo modo, a 5-Azacitidina pode alterar a expressão genética através da sua ação sobre as metiltransferases do ADN, o que pode resultar em alterações da síntese ou da função das proteínas. O U0126 e o PD98059 são inibidores específicos da MEK1/2 e a sua ação pode perturbar a cascata de sinalização MAPK/ERK, uma via conhecida por regular uma variedade de processos celulares, incluindo a função proteica.
A via JNK, visada pelo SP600125, e a via p38 MAPK, visada pelo SB203580, são críticas para responder a sinais de stress, e a modulação destas vias pode influenciar as proteínas envolvidas nestas respostas. O LY294002 pode inibir a sinalização PI3K/AKT, uma importante via que regula a sobrevivência e o metabolismo das células, afectando assim potencialmente as proteínas subsequentes à PI3K/AKT. Os inibidores do proteassoma, como o MG132 e o bortezomib, podem impedir a degradação das proteínas, levando a alterações nos níveis e na atividade de várias proteínas celulares. A tapsigargina, ao perturbar a SERCA, pode afetar a homeostase do cálcio, que é crucial para muitos aspectos da função proteica, incluindo a dobragem e a sinalização. A 2-Deoxi-D-glicose inibe a glicólise, o que pode ter impacto no metabolismo energético e possivelmente afetar as proteínas envolvidas nesta via. Finalmente, o Z-VAD-FMK pode prevenir a apoptose através da inibição das caspases, o que, por sua vez, pode afetar a atividade de proteínas que são reguladas por sinais apoptóticos.
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