Pode entender-se que as substâncias químicas classificadas como activadores da LIMP II funcionam modulando as vias celulares que afectam a biogénese lisossomal, a função ou o tráfico de proteínas, afectando assim indiretamente a expressão ou a atividade da LIMP II. Estes produtos químicos ligam-se a receptores nucleares, como o ácido trans-retinóico que se liga aos receptores retinóides, ou interagem com enzimas celulares e moléculas de sinalização, conduzindo a alterações transcricionais. Por exemplo, a forskolina ativa a adenilato ciclase, aumentando assim os níveis de AMPc, o que pode influenciar o tráfico de enzimas lisossomais.
Além disso, a resposta ao stress induzida por agentes como a β-lapachona, que aumenta os níveis de espécies reactivas de oxigénio, pode ativar vias de sinalização que regulam positivamente os componentes lisossomais, incluindo a LIMP II, para manter a homeostase celular. Os moduladores do metabolismo lipídico, como o clofibrato e a mevastatina, influenciam os receptores activados por proliferadores de peroxissoma e as vias de biossíntese do colesterol, respetivamente, o que pode exigir uma maior atividade lisossomal e, assim, aumentar potencialmente a expressão de proteínas lisossomais, como a LIMP II.
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