Os inibidores do KIAA0649, tal como representados neste contexto, visam principalmente a síntese, o processamento e o metabolismo do ARN, afectando indiretamente as funções das proteínas de ligação ao ARN, como as associadas ao KIAA0649. Por exemplo, compostos como a actinomicina D e a α-amanitina são inibidores bem conhecidos da síntese de ARN. A actinomicina D liga-se ao ADN e dificulta a síntese de ARN, enquanto a α-amanitina inibe especificamente a RNA polimerase II.
Além disso, alguns inibidores concentram-se em fases específicas do processamento do ARN. A pladienolida B e a espliceostatina A são compostos que têm como alvo o complexo SF3b, que desempenha um papel crítico no splicing do pré-mRNA. Ao modificarem a dinâmica do splicing, estes compostos podem afetar indiretamente a funcionalidade e as interacções das proteínas de ligação ao ARN. Além disso, compostos como a Ribavirina, um análogo da guanosina, e a Cordicepina, um análogo da adenosina, integram-se nas estruturas do ARN, afectando o metabolismo e o processamento do ARN e influenciando subsequentemente a atividade das proteínas de ligação ao ARN.
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