Os activadores de JAMP funcionam através de uma variedade de mecanismos bioquímicos para aumentar a sua atividade na célula. Os compostos que aumentam a atividade da adenilato ciclase conduzem a um aumento da concentração intracelular de AMP cíclico, um segundo mensageiro fundamental em muitas vias de sinalização. Esta elevação dos níveis de AMPc ativa então a proteína quinase A (PKA), que é conhecida por fosforilar um espetro de alvos proteicos, potencialmente incluindo JAMP, facilitando assim a sua ativação. Da mesma forma, a utilização de certos inibidores não selectivos da fosfodiesterase serve para elevar o AMPc, impedindo a sua degradação, apoiando a atividade sustentada da PKA e a subsequente fosforilação dos seus alvos. A ativação de JAMP pode também ser mediada pela modulação dos níveis de cálcio intracelular. Os ionóforos de cálcio desencadeiam um influxo de iões de cálcio, que pode ativar as proteínas quinases dependentes do cálcio. Estas cinases, uma vez activadas, podem catalisar a fosforilação de várias proteínas na célula, uma das quais pode ser a JAMP, levando ao aumento da sua atividade funcional.
Outras vias indirectas para a ativação de JAMP incluem a manipulação de moléculas de sinalização derivadas de lípidos e inibidores de quinase. Os precursores de eicosanóides têm a capacidade de iniciar numerosas cascatas de sinalização que podem convergir para as vias de cinase responsáveis pela ativação de JAMP. Além disso, foi demonstrado que a inibição das proteínas fosfatases resulta num aumento dos níveis de fosforilação das proteínas celulares, o que pode levar a um aumento da atividade de JAMP se esta estiver entre os substratos destas enzimas. Os inibidores de quinase, paradoxalmente, também podem servir como activadores através de mecanismos de feedback que compensam a via inibida, resultando potencialmente na ativação de JAMP. As vias das proteínas quinase activadas pelo stress, activadas por certos inibidores da síntese proteica, podem também desempenhar um papel, uma vez que estas vias podem levar à fosforilação e ativação de uma série de proteínas, incluindo o AMPJ, como resposta celular ao stress.
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