A forskolina, por exemplo, através da ativação da adenilato ciclase, leva a um aumento dos níveis de AMPc na célula, que subsequentemente ativa a proteína quinase A (PKA). A PKA pode fosforilar uma vasta gama de substratos e pode aumentar a atividade das proteínas que interagem com o INTS2 ou o regulam. Outro composto, a isonomicina, actua aumentando os níveis de cálcio intracelular, o que ativa as cinases dependentes da calmodulina (CaMK). Estas cinases podem alterar os estados de fosforilação de proteínas que estão envolvidas nas mesmas vias que a INTS2, modificando potencialmente a sua atividade. Do mesmo modo, sabe-se que o PMA, ou forbol 12-miristato 13-acetato, ativa a proteína quinase C (PKC), o que pode levar à fosforilação e modulação de proteínas que interagem com o INTS2.
Além disso, os inibidores de pequenas moléculas como o U0126 e o LY294002 fornecem meios indirectos de modular a atividade do INTS2 através da inibição da MEK1/2 e da PI3K, respetivamente. A supressão da MEK1/2 pelo U0126 resulta em efeitos a jusante na via da ERK, o que poderia afetar as proteínas que regulam a INTS2. O LY294002, ao inibir a PI3K, afecta a via da AKT e pode alterar a regulação das proteínas relacionadas com o INTS2. Os moduladores epigenéticos, como a 5-Azacitidina e a Tricostatina A, também desempenham um papel importante. A 5-azacitidina inibe as metiltransferases do ADN, o que pode levar a alterações nos padrões de expressão genética, incluindo os dos genes associados à INTS2. A tricostatina A inibe as histonas desacetilases, afectando a expressão dos genes e podendo afetar as proteínas reguladoras do INTS2. Outros produtos químicos que podem afetar indiretamente a atividade do INTS2 incluem o ZM-447439, um inibidor das Aurora quinases, a tapsigargina, um inibidor da bomba SERCA que afecta a homeostase do cálcio, o SB203580, um inibidor da p38 MAP quinase, a rapamicina, um inibidor da mTOR que afecta a síntese proteica, e o SP600125, um inibidor da JNK.
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