Os inibidores da GDPD4 incluem uma variedade de compostos que, ao intervirem em diferentes aspectos do metabolismo celular, podem modular indiretamente a atividade da GDPD4. Estes compostos não têm como alvo direto o GDPD4, mas exercem a sua influência alterando o ambiente lipídico em que o GDPD4 funciona ou modificando as vias de sinalização que podem ter impacto na sua função. Por exemplo, a miltefosina e a perhexilina podem alterar a composição lipídica, o que pode afetar a associação da membrana e a acessibilidade do substrato à GDPD4, influenciando assim a sua atividade enzimática.
Outros compostos da lista, como a Manumicina A e a Genisteína, afectam a prenilação de proteínas e a atividade da tirosina quinase, respetivamente. Estes processos são essenciais para a localização e função adequadas de numerosas proteínas envolvidas no metabolismo dos lípidos, incluindo a GDPD4. Além disso, inibidores como D609 e U73122 têm como alvo fosfolipases específicas, que estão diretamente envolvidas na geração de substratos para GDPD4, sugerindo que estes inibidores podem alterar o conjunto de substratos disponíveis para GDPD4. Compostos como o Etomoxir e a Triacsina C modificam o metabolismo dos ácidos gordos, que está intrinsecamente ligado às vias de sinalização lipídica de que a GDPD4 faz parte. Por último, o GW4869 e a Imipramina afectam o metabolismo dos esfingolípidos, o que pode ter efeitos a jusante na atividade da GDPD4 devido à natureza interligada das vias metabólicas dos lípidos.
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