O cloreto de lítio, ao inibir a GSK-3 beta, leva à acumulação de beta-catenina, uma molécula que se associa ao TCF/LEF para conduzir padrões de expressão genética que afectam o FOXD4. A forskolina, através da elevação dos níveis de AMPc, ativa a PKA, que, por sua vez, pode alterar a atividade transcricional e, potencialmente, regular positivamente o FOXD4. Uma via semelhante é influenciada pela KAAD-ciclopamina, embora esta siga um caminho alternativo ao travar a via Hedgehog, o que tem implicações para a modulação transcricional do FOXD4. O inibidor IX de GSK-3, semelhante ao cloreto de lítio, inibe a GSK-3 beta, estabilizando a beta-catenina e promovendo eventos transcricionais que poderiam aumentar a expressão de FOXD4.
A via MAPK/ERK, um canal para numerosas cascatas de sinalização, é atenuada pelo PD98059, que, ao inibir a MEK, pode influenciar os factores de transcrição que regulam o FOXD4. O SB431542 oferece outra camada de complexidade ao visar a sinalização TGF-β, levando a modificações transcricionais que podem elevar os níveis de FOXD4. O IWR-1 e o DAPT, através da sua respectiva inibição das vias de sinalização Wnt/β-catenina e Notch, também contribuem para a rede reguladora que pode afetar a expressão de FOXD4. Além disso, o inibidor XVI da GSK-3, ao inibir a GSK-3 beta, pode amplificar a transcrição mediada pela β-catenina/TCF, que é outra via potencial para ativar o FOXD4. A rapamicina, um inibidor da mTOR, afecta as principais proteínas a jusante S6K e 4E-BP, envolvidas no controlo da tradução de muitas proteínas, incluindo possivelmente o FOXD4. A inibição da ROCK pelo Y-27632 influencia a dinâmica do citoesqueleto, que está intimamente ligada à regulação da expressão genética.
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