Os inibidores FLJ45513, como a Staurosporina, são inibidores de cinase bem conhecidos que podem alterar o estado de fosforilação das proteínas, uma modificação que é crítica para a função proteica. Da mesma forma, o U0126 e o SB431542 podem inibir a sinalização MEK1/2 e TGF-β, respetivamente, vias que estão intimamente ligadas ao controlo da expressão genética e da atividade proteica. Compostos como SP600125 e LY333531 têm como alvo a via JNK e a proteína quinase C β, respetivamente, ambas envolvidas na regulação de factores de transcrição e outras proteínas. O PP2, ao inibir as cinases da família Src, e o PD173074, ao visar o FGFR, podem afetar várias proteínas subsequentes através de redes de sinalização complexas.
Além disso, o Y-27632 e o ZM447439 podem influenciar o citoesqueleto e a progressão do ciclo celular, respetivamente, alterando assim potencialmente a função e a localização das proteínas. A dorsomorfina e o XAV939, bem como o IWP-2, têm como alvo as vias de sinalização BMP e Wnt/β-catenina, que são cruciais para a diferenciação, o crescimento e o desenvolvimento das células. Estas vias estão ligadas à regulação de numerosas proteínas, e a sua inibição pode ter efeitos generalizados na função das proteínas.
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