Os inibidores da FLJ37644, por exemplo, a estauroporina e outros inibidores da quinase afectam a fosforilação das proteínas, que é normalmente uma modificação pós-traducional que pode regular a atividade, a localização e a interação das proteínas com outras moléculas. O LY294002, ao inibir a PI3K, pode alterar numerosas cascatas de sinalização, afectando potencialmente as proteínas que são direta ou indiretamente reguladas pela atividade da PI3K. A rapamicina, ao inibir a mTOR, pode ter um amplo impacto no crescimento e no metabolismo celular, afectando assim as proteínas sob o controlo da sinalização mTOR. A ciclopamina e o SB431542 modulam as vias de sinalização que são cruciais para a comunicação celular e podem, por conseguinte, influenciar uma vasta gama de proteínas reguladas por essas vias.
Os inibidores da via MAPK/ERK, como o PD98059 e o U0126, afectam a atividade das proteínas desta via, que é fundamental para a proliferação e diferenciação celular e para a resposta a estímulos externos. Os inibidores do proteassoma, como o bortezomib e o MG132, podem impedir a degradação de proteínas, levando à acumulação e à potencial desregulação de proteínas na célula. O Z-VAD-FMK, como inibidor da pan-caspase, pode prevenir a morte celular programada, afectando assim as proteínas que induzem ou estão envolvidas na apoptose. O SP600125, ao inibir a JNK, pode alterar a sinalização da resposta ao stress e as respostas inflamatórias nas células. A tapsigargina perturba a homeostase do cálcio, o que é importante para as proteínas que dependem do cálcio ou que são reguladas pela sinalização do cálcio.
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