Como membro da família FAM90A, prevê-se que a FAM90A9 tenha domínios estruturais indicativos de funções nucleares, alinhando-se com as propriedades características da família. Os domínios e motivos da FAM90A9 podem implicá-la na regulação da expressão génica, na participação na reparação do ADN ou na remodelação da cromatina, mas esses papéis ainda não foram comprovados experimentalmente.
A presença de sinais de localização nuclear nas proteínas da família FAM90A, incluindo a FAM90A9, apoia a hipótese de que a FAM90A9 actua no compartimento nuclear. Aqui, pode influenciar a regulação transcricional, possivelmente através da interação com factores de transcrição ou fazendo parte de complexos que modulam o estado da cromatina, afectando os padrões de expressão genética críticos para vários processos celulares, como o controlo do ciclo celular, a diferenciação e a estabilidade genómica. Tais estudos poderão revelar o seu papel em processos fisiológicos e de desenvolvimento ou em condições patológicas, se padrões de expressão aberrantes estiverem associados a estados de doença.
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