Pensa-se geralmente que as proteínas da família FAM90A se localizam no núcleo, o que implica um potencial envolvimento em processos nucleares como a remodelação da cromatina, a regulação da expressão genética e a manutenção da integridade do genoma. Dada a sua localização nuclear putativa, a FAM90A3 pode interagir com outras proteínas nucleares para modular a atividade transcricional, influenciar a estrutura da cromatina ou desempenhar um papel no ciclo celular e nos mecanismos de reparação do ADN.
A função da FAM90A3 pode também estender-se à regulação de processos celulares que são fundamentais para o desenvolvimento, diferenciação ou apoptose. Através de potenciais interacções proteína-proteína, a FAM90A3 pode influenciar várias vias de sinalização e redes de transcrição. Pode servir como co-fator de factores de transcrição ou como parte de um complexo multiproteico que regula padrões de expressão genética essenciais para funções celulares normais e respostas a estímulos externos. O perfil de expressão de FAM90A3 em diferentes tecidos ou em várias condições fisiológicas pode oferecer pistas sobre a sua função. A dissecação do seu papel pode envolver o estudo das alterações da expressão genética após a sua supressão, sobreexpressão ou mutagénese em organismos modelo.
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