Os inibidores químicos da FAM59A visam várias vias de sinalização que são essenciais para a atividade funcional da proteína na célula. A esturosporina, um inibidor da proteína cinase de largo espetro, pode inibir a FAM59A bloqueando a atividade da cinase crucial para a transdução de sinais em que a FAM59A está envolvida. Do mesmo modo, o LY294002 e a wortmannina, ambos inibidores da PI3K, podem impedir a ativação da via PI3K/Akt, inibindo assim funcionalmente a FAM59A, que pode utilizar esta via para a sinalização intracelular. A inibição da via MEK/ERK por U0126, PD98059 e SL327 também representa um método pelo qual a FAM59A pode ser funcionalmente inibida, uma vez que o bloqueio desta via de sinalização pode impedir a ativação de componentes subsequentes que a FAM59A pode influenciar.
Além disso, o SP600125 e o Dasatinib concentram-se nas vias da MAPK e da quinase da família Src, respetivamente. Ao inibir a JNK com o SP600125, o FAM59A pode ser inibido funcionalmente se estiver envolvido em processos de sinalização mediados pela JNK. O dasatinib pode inibir o FAM59A através da sua ação sobre as cinases da família Src, que são parte integrante de várias vias de sinalização de que o FAM59A pode fazer parte. A inibição selectiva da p38 MAP quinase pelo SB203580 pode levar à inibição funcional da FAM59A, impedindo a sinalização da resposta ao stress, na qual a FAM59A pode participar. A rapamicina, ao inibir a mTOR, pode bloquear uma via instrumental no crescimento e proliferação celular que pode envolver a FAM59A. A PP2 e a triciribina, como inibidores das cinases da família Src e da Akt, respetivamente, podem inibir funcionalmente a FAM59A ao perturbar as cascatas de sinalização que estas cinases regulam, incluindo as que a FAM59A pode utilizar para mediar os seus efeitos celulares.
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