Os inibidores químicos do FAM54A podem exercer os seus efeitos inibitórios através da interferência nas vias de sinalização ascendentes essenciais para a sua função. O PD 98059, o U0126 e o SB203580 actuam como inibidores da via MAPK, sendo que o PD 98059 e o U0126 visam especificamente a MEK1/2, enquanto o SB203580 se concentra na p38 MAP quinase. A inibição destas cinases leva à redução da atividade da ERK e da p38 MAPK, respetivamente, que são essenciais para o bom funcionamento do FAM54A. Como a ERK é um mediador conhecido nas vias de sinalização em que o FAM54A está envolvido, a interrupção da fosforilação da ERK por estes inibidores pode resultar numa diminuição da atividade do FAM54A. Da mesma forma, ao impedir a p38 MAPK, o SB203580 pode atenuar os sinais de resposta ao stress que podem contribuir para a regulação da FAM54A, reduzindo assim a sua capacidade funcional.
Visando ainda o eixo de sinalização PI3K/AKT/mTOR, o LY294002 e a Wortmannin inibem diretamente a PI3K, enquanto a Rapamicina inibe a mTOR, um alvo subsequente nesta via. A inibição da PI3K pelo LY294002 e pela Wortmannin resulta na redução da fosforilação e da atividade da AKT, que é necessária para a ativação total do FAM54A. A inibição da mTOR pela rapamicina, uma quinase fundamental nesta via, interrompe de forma semelhante os sinais que regulam a função do FAM54A. Inibidores adicionais como o Dasatinib e o PP2 desafiam a proteína através da inibição de várias tirosina quinases que podem fosforilar substratos envolvidos no funcionamento adequado da FAM54A, levando a uma inibição global da sua atividade. O AG490 tem como alvo a quinase JAK2, que, por extensão, pode dificultar as vias que modulam a atividade da FAM54A. O SP600125, que inibe a JNK, também pode suprimir a função do FAM54A ao interferir com os mecanismos de sinalização dependentes da JNK. O PD173074 obstrui a atividade da quinase do FGFR, levando potencialmente a uma função reduzida do FAM54A devido à inibição das vias relacionadas com o fator de crescimento. Por último, a Staurosporina, como inibidor da proteína cinase de largo espetro, pode inibir uma série de cinases que podem estar envolvidas nas vias de sinalização necessárias para a atividade do FAM54A, resultando numa inibição abrangente do seu estado funcional.
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