Os inibidores químicos que têm como alvo a FAM46C constituiriam um grupo de compostos com diversos mecanismos de ação, todos convergindo para a modulação de processos celulares relevantes para a função biológica da FAM46C. A principal abordagem para estes inibidores seria afetar a síntese, o processamento e a tradução do ARN, que são fases-chave da expressão genética em que se acredita que a FAM46C está activada. Dado que a FAM46C tem um papel na poliadenilação e na tradução do ARN, inibidores como a actinomicina D e a α-manitina podem perturbar a transcrição de ARNm, afectando assim indiretamente o âmbito regulador da FAM46C. Substâncias químicas como a DRB e a Cordicepina podem alterar a atividade da RNA polimerase II e a poliadenilação do mRNA, respetivamente, influenciando assim os efeitos subsequentes do FAM46C na estabilidade e tradução do mRNA.
Além disso, compostos como a ribavirina e a tunicamicina, através da sua ação sobre o capping do ARNm e a glicosilação das proteínas, respetivamente, teriam a capacidade de modular o processo de tradução, o que pode influenciar indiretamente a função do FAM46C na regulação do ARNm. A inibição da síntese proteica pela cicloheximida, puromicina, homoharringtonina, anisomicina e emetina também serviria para alterar o panorama da tradução na célula, afectando assim os ARNm que são especificamente regulados pelo FAM46C. A espliceostatina A, embora não tenha um número CAS, está incluída devido ao seu efeito na emenda do ARNm, um processo que é fundamental para a geração de transcrições maduras que o FAM46C pode estar envolvido na regulação.
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