Os inibidores químicos da ExoC3L utilizam uma variedade de mecanismos para impedir a função da proteína. O isotiocianato de benzilo e o isotiocianato de fenetilo funcionam modificando covalentemente os resíduos de cisteína no local ativo da ExoC3L, o que leva a uma alteração da estrutura da proteína e à inibição da sua atividade enzimática. De forma semelhante, a alicina reage com grupos tiol na ExoC3L, o que pode resultar na formação de ligações dissulfureto, potencialmente perturbando a estrutura e a função da proteína. Entretanto, a auranofina tem como alvo a ExoC3L, ligando-se irreversivelmente a grupos tiol dentro da proteína, inibindo assim a sua atividade enzimática dependente de tiol. A curcumina também exerce o seu efeito inibitório na ExoC3L ligando-se ao local ativado, obstruindo assim o acesso ao substrato e perturbando a função enzimática. Do mesmo modo, a capsaicina inibe a ExoC3L alterando a estrutura terciária da proteína ou interferindo com o acesso do substrato ao local ativo, o que leva a uma atividade enzimática reduzida.
Outros inibidores, como o ebselen e o oltipraz, modulam a atividade da ExoC3L através de vias indirectas. O ebselen mimetiza a atividade da glutationa peroxidase, o que pode levar à redução dos níveis de espécies reactivas de oxigénio. Esta redução pode atenuar as vias de sinalização necessárias para a atividade óptima da ExoC3L, resultando na sua inibição. O oltipraz, através da sua interação com a via Keap1-Nrf2, pode alterar o estado redox celular, o que, por sua vez, pode inibir a função da ExoC3L. O sulforafano também ativa a via Nrf2, induzindo a expressão de enzimas de desintoxicação e antioxidantes que podem interferir com a função da ExoC3L. O ácido elágico adopta uma abordagem diferente, quelando iões metálicos essenciais para a atividade catalítica da ExoC3L, obstruindo assim a sua função enzimática. Por fim, o galato de epigalocatequina (EGCG) liga-se à ExoC3L e impede a sua função enzimática através de ligações de hidrogénio e interacções hidrofóbicas, perturbando a atividade normal da proteína.
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