Os inibidores da DnaJC11 abrangem uma gama diversificada de compostos que podem interferir com várias vias celulares, afectando assim indiretamente a expressão funcional e os mecanismos reguladores da proteína DnaJC11. Estes inibidores incluem agentes que podem perturbar a função mitocondrial, a dobragem de proteínas e as respostas ao stress celular, que são processos críticos nos quais se sabe que a DnaJC11 está envolvida. Os inibidores visam estes processos através de mecanismos diferentes, muitas vezes não relacionados com os seus alvos biológicos primários, mas com a capacidade de influenciar o ambiente celular do DnaJC11. A oligomicina, por exemplo, é um composto que perturba a ATP sintase mitocondrial, crucial para a produção de ATP.
Esta perturbação pode levar a um estado energético celular alterado, afectando as proteínas que dependem do ATP, incluindo as associadas à integridade mitocondrial, como o DnaJC11. Do mesmo modo, a ciclosporina A, que modula o poro de transição da permeabilidade mitocondrial, pode também alterar a função mitocondrial, com potenciais ramificações nas proteínas associadas às mitocôndrias. Compostos como a tunicamicina e a geldanamicina afectam a dobragem das proteínas e as redes de chaperones. A tunicamicina inibe a glicosilação ligada à N, uma modificação pós-traducional essencial para a dobragem adequada de muitas proteínas, afectando assim a homeostase proteica e, potencialmente, o funcionamento do DnaJC11. A geldanamicina e o seu derivado, 17-AAG, ligam-se à Hsp90 e, ao modularem a sua função, podem alterar a rede de proteínas chaperona, o que pode ter efeitos a jusante no papel do DnaJC11 na mesma via. Para além destes, existem agentes como a Brefeldina A e a Cloroquina que perturbam o tráfico intracelular e a função lisossómica, respetivamente. A brefeldina A impede a troca de proteínas entre o retículo endoplasmático e o aparelho de Golgi, um processo crítico para a correcta ordenação e funcionamento das proteínas celulares.
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